Chùa được dựng vào hậu bán thế kỷ XVIII. Thiền sư Hoằng Chỉnh ở Quảng Ngãi vào tu đã trùng tu chùa vào năm 1895 và 1910. Chùa được tiếp tục trùng tu và mở rộng dưới thời Hòa thượng Khánh Anh từ năm 1939 và Hòa thượng Thiện Hoa từ năm 1961 đến năm 1972.

Năm 1972, Hòa thượng Thích Thiện Hoa viên tịch, Thượng tọa trụ trì Thích Hoàn Phú đã cho xây tháp Thiện Hoa, thờ linh cốt của Ngài.
Tháp Đa Bảo được kiến tạo vào năm 1966, gồm ba tầng. Tầng trên thờ tượng đức Phật nhập niết bàn và Xá lợi Phật. Tầng giữa thờ Pháp Bảo (một bộ kinh Pháp Hoa). Tầng dưới: Phía Đông thờ linh cốt Tổ Khánh Anh, phía Nam thờ linh cốt HT Thích Quảng Đức, phía Tây thờ linh cốt Tổ Khánh Hòa, phía Bắc thờ linh cốt Tổ Huệ Quang, trung tâm thờ đất Phật tại tám Phật tích ở Ấn Độ.